Сестра Петра I скончалась в 1716 г., но тело ее оставалось, по повелению царя, непогребенным до возвращения Петра из продолжавшегося более года заграничного путешествия. Петр вернулся 10 октября 1717 г.
Нынешнее строение было возведено в 1836—1837 годах по проекту архитектора Л. Я. Тиблена. Лазаревская усыпальница является пантеоном, давшим название кладбищу, где сейчас располагается некрополь XVIII века. Освящение Лазаревской церкви состоялось, вероятно, 17 октября, в празднование «перенесения мощей праведного Лазаря четверодневного». В последующие годы здание неоднократно перестраивалось и расширялось.
С закрытием в 1923 г. Лазаревского кладбища усыпальница оказалась недоступна для посещения. Долгое время она служила складом различных памятников и деталей художественных надгробий, которые начиная с 1931 г. свозились сюда с других кладбищ города. В 1932 г., когда Лазаревская церковь вошла в состав Музея-некрополя, был переделан интерьер: разобрали иконостас, окрасили стены и потолок. Большинство исторических памятников остались на своих местах, но часть киотов и икон исчезла именно в это время.
Усыпальница привлекает разнообразием исторически сложившейся экспозиции: мраморные, гранитные, бронзовые памятники самых разных форм были созданы знаменитыми мастерами в эпоху расцвета мемориальной пластики.
Здесь у восточной стены погребен И. А. Ганнибал, герой Наварина и двоюродный дед А. С. Пушкина. Его памятник из разноцветного мрамора украшен гербом с изображением африканского слона и девизом, по преданию, подаренным Петром Великим его арапу Абраму Ганнибалу.
