В ноябре 1939 года призван в Красную Армию. С ноября 1940 года служил начальником радиостанции в батальоне связи в Западном Особом военном округе. В боях Великой Отечественной войны — с 23 июня 1941 года, воевал на Западном фронте. Участвовал в оборонительных операциях в Белоруссии, в Смоленском оборонительном сражении, в Тульской оборонительной операции, Курской битве,Белорусской стратегической операции, в Висло-Одерской и Берлинской операциях.
После войны продолжил службу в войсках связи. После окончания Военной академии связи им.
В 1968 году генерал-майор Емохонов переведен в КГБ России. Возглавлял 8-е Главного управление, ответственное за защиту средств связи и создание шифров. С июля 1971 года — заместитель председателя КГБ СССР, с февраля 1984 — первый заместитель председателя КГБ СССР. В 1971—1990 годах — председатель Научно-технического совета КГБ СССР.
10 апреля 1985 года указом Президиума Верховного Совета СССР
Умер 14 марта 2014 года в г. Москве. Похоронен на Троекуровском кладбище.