Его территорию поделили на две функциональные зоны: места для захоронений и так называемую зону моральной защиты, отделяющую застройку общего пользования от объектов похоронного назначения. Работы проводил столичный Департамент строительства.
Участок для захоронений расположен с учётом его транспортной доступности, а также удобного передвижения маломобильных граждан. Для лиц с функциональными нарушениями зрения предусмотрены специальные указатели и информационный стенд со схемой расположения всех объектов на территории кладбища.
Кладбище огорожено двухметровым забором, часть внутренней стороны которого будет использована как колумбарная стена. Вдоль него в зоне моральной защиты весной планируется высадить деревья и кустарники.
На территории расположены здание КПП, туалет и автостоянка. В дальнейшем около въездной зоны планируется построить зал прощаний, магазин и стоянку спецтранспорта.
Перепечинское кладбище является одним из крупнейших кладбищ Московского региона. На нём расположено 70 участков, включая два мусульманских и военно-мемориальный некрополь с местами для могил военнослужащих и памятником Неизвестному Солдату.
