Пока по делу задержаны пять человек: предполагаемый убийца Заур Дадаев, Хамзат Бахаев, который, по версии следствия, снабжал сообщников информацией и должен был укрыть их после преступления, Темирлан Эскерханов, которому вменяется отслеживание маршрутов Немцова, а также братья Анзор и Шадид Губашевы. Их роль в преступлении следствие не раскрывает.
Основной версией убийства Немцова следствие считает убийство по найму. Согласно материалам расследования, Дадаев во время допросов заявил, что ему за операцию заплатили 5 миллионов рублей.