Директор канцелярии дома Романовых Александр Закатов отметил, что комиссия должна не делать поспешных выводов. Обнаруженные останки, по его мнению, стоит захоронить, не дожидаясь результата исследований, но не в императорской усыпальнице. До тех пор, пока церковь не найдёт достаточно оснований для того, чтобы признать эти останки принадлежащими цесаревичу Алексею и великой княжне Марии, устраивать новое захоронение было бы оскорблением религиозных чувств верующих», - заявил Закатов.
Император Николай II, его семья и прислуга были расстреляны в Екатеринбурге в ночь на 17 июля 1918 года. Их останки были обнаружены в июле 1991 года. Была создана правительственная комиссия, проведены три генетические экспертизы. 30 января 1998 года последовал официальный вывод: «Останки, обнаруженные в Екатеринбурге, являются останками Николая II, членов его семьи и приближённых людей».
Однако уже 26 февраля того же года Синод РПЦ высказался за безотлагательное погребение останков Николая II и членов его семьи в символической могиле-памятнике. Но на следующий день правительство РФ приняло решение о захоронении останков Николая II и членов его семьи в Петропавловском соборе Санкт-Петербурга. Торжественная церемония состоялась 17 июля 1998 года – в день 80-летия расстрела царской семьи.
Вопрос установления подлинности останков остался открытым. РПЦ не нашла достаточных оснований, чтобы признать их мощами царственных мучеников. Российский императорский дом в этом вопросе поддержал позицию РПЦ – глава его канцелярии подчеркнул, что генетической экспертизы недостаточно.
В 2007 году недалеко от первого захоронения под Екатеринбургом было найдено второе. Генетическая экспертиза подтвердила, что останки из этого захоронения также принадлежат членам семьи Николая II - великой княжне Марии и цесаревичу Алексею. РПЦ и в данном случае заявляла, что не считает достаточными результаты проведённых исследований.
