Возвратясь на Русь, он удалился на реку Сору в Вологодской земле, поставил келию и часовню, где вскоре возникла обитель с новым в то время у нас скитским уставом, заимствованным преподобным Нилом на Афоне. По завету преподобного Нила, иноки должны были питаться трудом рук своих, милостыню принимать только в крайней нужде, избегать вещелюбия и роскоши даже в церкви; женщины в скит не допускались, монахам не разрешалось выходить из скита ни под каким предлогом, владение вотчинами отрицалось. Расселившись вокруг небольшой церкви в честь Сретения Господня в лесу, в отдельных келиях по одному, по два и не более трех человек, скитники накануне воскресных и других праздничных дней собирались на сутки к Богослужению, причем всенощная, на которой за каждой кафизмой предлагались два-три чтения из святоотеческих творений, продолжилась всю ночь. В прочие дни каждый молился и трудился в своей келии. Главным подвигом иноков была борьба со своими помыслами и страстями, в результате чего в душе рождается мир, в уме — ясность, в сердце — сокрушение и любовь.
Преподобный отличался крайней нестяжательностью. При скитском образе жизни он исключал монастырское землевладение, считал, что иноки должны жить только трудами своих рук. Сам же он был для братии образцом трудолюбия и нестяжания. За святость жизни старца Нила глубоко почитали современные ему русские иерархи. Преподобный участвовал на Соборах 1490 и 1503 годов.
Святой Нил Сорский известен не только как основоположник на Руси скитского жития и великий подвижник, но и как духовный писатель. Составив устав на основании творений святых отцов, преподобный более всего обращает внимание иноков на умное делание, под которым также подразумевает глубокую молитвенность и духовное подвижничество.
Преподобный Нил мирно скончался 1 мая 1508 г. Будучи глубоко смиренным, он завещал братии после смерти бросить тело его в лесу на съедение зверям и предать погребению без почестей. Мощи его, погребенные в основанной им обители, прославились множеством чудотворений.
